Nach vielen Stunden Recherche und Experimentieren habe ich endlich MATLAB R2007b unter Ubuntu Gutsy Gibbon mit Compiz Fusion zum Laufen gebracht. Entweder war das MATLAB Fenster einfach nur grau oder die Tastatur hat bei jedem Java Popup den Fenster-Fokus verloren, was äußerst nervig ist (siehe auch hier).

Der Trick war nun die (und nur die) Zeile

export MATLAB_JAVA=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/

direkt nach

#!/bin/sh

in die Datei 

/opt/matlab/bin/matlab

einzufügen. Die in beinahe allen Foren zu findende Lösung die Zeilen

    # Compiz compatibility
    export AWT_TOOLKIT=MToolkit
    export MATLAB_JAVA=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/

nach den Zeilen

#
# Export the variables
#
    export MATLAB
    export AUTOMOUNT_MAP
    export DISPLAY
    export ARCH
    export TOOLBOX
    export MATLABPATH
    export XAPPLRESDIR
    export XKEYSYMDB

einzufügen, hat nur unter Feisty funktioniert! Vermutlich werden andere Swing Applikationen ähnlich mit Compiz Fusion funktionieren.

Viel Spaß!

 PS: Compiz Fusion rulez

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